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企業基金會雖為非營利組織，稅務上仍可能有申報義務。
台北國稅局提醒，近期即將針對2020年度營所稅發出滯報通知，呼籲尚未申報營所稅的機關、團體盡早更正申報，以免罰款加重。
官員表示，近期要寄發每年例行的滯報通知書，在營所稅上最常見的滯報對象，多半是慈善團體、企業基金會等非營利組織，有些組織會認為當年度符合免稅標準，因此漏未申報所得稅。
根據稅法規定，合法立案的教育、文化、公益、慈善團體，在資產配置合理、未經營與其創設目的無關的業務、捐贈人董監事合乎比例、所得支出比例合格等條件滿足下，可以免納所得稅。
但特別是企業基金會，官員表示，常常會取得過高的股利收入，因而被排除免稅，有義務申報營所稅，此類團體若應申報而未申報，在被國稅局通知補報之餘，還會被裁罰滯報金、漏報金。
官員指出，股利、租金等應辦扣繳的款項，國稅局可以掌握金流來源，很容易就能盤點出漏未申報營所稅的公益團體，通知補報並開罰。
因應疫情影響，官員表示，今年所得稅申報期限由5月31日展延至6月30日，因此滯報通知書延到近期才寄發，上述未依規定期限辦理所得稅申報的團體，在接到滯報通知書的日起算15日內補辦申報，國稅局只會依應納稅額，加徵10%滯報金，最高加罰至3萬元。
但若超出補報期限仍拒辦申報，官員表示，國稅局將依查得資料或同業利潤標準，直接核定應納稅額，另外補徵20%怠報金，這部分最高加徵9萬元。
